Ich glaube nicht dass das was mit Phantom Lans zu tun hat. Die Linien werden einfach nicht mitgelöscht wenn der Bahnhof fehlt. Das ist bei mir auch so.
Du musst einfach das Linienwerkzeug auswählen als wolltest du eine neue hinzufügen. Und ja, das geht nur wenn du noch mindestens einen Bahnhof hast. Dann zoomst du möglichst nah an das Symbol "kaputte Linie" heran und löscht diese nicht mehr vorhandene Linie per Rechtsklick.
Sollte diese Linie nicht in der Übersichtstabelle auf tauchen und wenn ja ist es doch einfacher sie dort einfach zu löschen.