Ich würde das einfach so deuten dass die Freischaltung nicht rückgängig gemacht werden kann. Was ja durchaus auch Sinn macht, sonst hättest du dann irgendwo außerhalb deiner Stadt Sachen rumstehen umd kämst nicht mehr dran.
Eine "Gegenmod" dazu kenne ich nicht. Du müsstest dann wahrscheinlich die Mod deaktivieren und eine neue Stadt anfangen.
Wenn du die Errungenschaften behalten willst brauchst du noch den Mod Achievement Enabler, zu finden auch dort bei Steam.
Ich habe auch ein paar Mods installiert, Inkompatibilitäten kommen da eher selten vor. Bisher hatte ich es nur einmal, der Traffic Manager vertrug sich da nicht mit den aktivierten Ampel- und Fahrspurmods. Was allerdings daran liegen könnte dass sie eben beide das selbe bewirken und sich so gegenseitig in die Parade fahren.
Wenn du mehrere Mods installierst, vielleicht noch ähnliche, versuche einfach mal dein Spiel zu laden und - natürlich unter anderem Namen - wieder zu speichern. Wenn das funktioniert sollte es eigentlich keine Probleme geben.
Ach ja, ich habe übrigens auch nur die Mod die alle 25 "echten" Teile freischaltet, habe sie aber erst jetzt aktiviert, weil ich eigentlich nie Platzprobleme hatte.
Was natürlich bei speziellen Karten durchaus auch anders sein kann, es gibt da welche wo man wirklich kaum was hinbauen kann.