Ich weiß, Topic ist bereits einen Monat alt. Aber da es angepinnt ist, grabe ich ja nichts altes nach oben. 
Meine Vermutung wäre:
CheatEngine verändert die Geschwindigkeit der Systemzeit.
Das heißt, bei einer Einstellung von 0,33 dauert 1 Sekunde echte 3 Sekunden.
Da die Berechnung der FPS (Bilder pro Sekunde) anhand der Systemzeit stattfindet, ist diese Berechnung natürlich falsch.
Dein PC macht in den echten 3 Sekunden 90 Bilder, was normalerweise 30 FPS (90/3) entspricht. Dein PC geht aber davon aus, dass es sich um 90 Bilder in einer Sekunde handelt und rechnet mit 90 FPS.
Damit könntest du theoretisch auch die Downloadgeschwindigkeit eines Browers/Download-Managers "erhöhen". Wenn dann die Downloadgeschwindigkeit 3x so hoch ist, wie dein Anschluss hergibt, weißt du was ich meine. 
Mich wundert eher, dass CheatEngine trotz der Kopierschutz-/DRM-/Antitamper-Maßnahmen funktioniert. Denuvo ist normalerweise dafür zuständig, dass keine Manipulationen am Spielsystem stattfinden dürfen. Daten im RAM, modifizierte EXE Dateien, etc.
