Also wenn das eine offizielle Kart ist und du nichts verändert hast bin ich überfragt. An den wenigen verwendeten Mods dürfte es eigentlich nicht liegen.
Als Tipp für deinen Rhein kann ich dir nur geben, dass das Wasser natürlich am Kartenrand irgendwo abfließen muss um eine Fließrichtung zu erhalten. Ein leichtes Gefälle ist von Vorteil, bei einem vorhandenen Abfluss aber nicht unbedingt notwendig.
Wasser kann in geringem Maße auch versickern, dadurch können kleinere Flüsse unterwegs auch einfach austrocknen - auf den Rhein dürfte das wohl eher nicht zutreffen
Falls doch, einfach unterwegs weitere Quellen hinzufügen um den Pegel konstant zu halten.
Screenshots könnten helfen
EDIT: Hat wohl mit deinem Problem nichts zu tun, aber welchen Traffic Manager benutzt du? President Edition ist die aktuelle Version, die ist auch - im Gegensatz zu den Vorgängern - nahezu fehlerfrei.